D. João III negociou vários anos a instituição do Tribunal do Santo Ofício em Portugal. Em 1532 viu os seus intentos satisfeitos pelo papa Clemente VII que lho concedeu pela bula Cum ad nihil magis, de 17 de Dezembro, na qual nomeava inquisidor D. Fr. Diogo da Silva. A reacção e protestos dos cristãos novos fizeram com que o mesmo pontífice revogasse aquela bula pela Sempiterno Regi, de 7 de Abril de 1533. Perante o desaire, o soberano não desistiu e moveu influências. Paulo III, que sucedera a Clemente VII, respondeu com o breve Inter coetera ad nostrum, de 17 de Março de 1535, aconselhando o monarca a seguir as regras da piedade e não as da vingança e mandou executar o perdão concedido pelo seu antecessor. D. João III travou em Roma uma luta cara, a que não foram alheias as intrigas e subornos, conseguindo que o mesmo papa Paulo III instituísse em Portugal o Tribunal do Santo Ofício pela bula Cum ad nihil magis, de 23 de Maio de 1536. Dirigida aos bispos de Ceuta, de Coimbra e de Lamego, nomeava-os seus comissários e inquisidores em Portugal para procederem contra os cristãos novos e contra todos os culpados em crime de heresia. Em 1539 D. Diogo da Silva renunciou ao cargo de inquisidor-mor e D. João III nomeou seu irmão, o infante D. Henrique, arcebispo de Braga e futuro cardeal. Essa nomeação não foi bem aceite por Paulo III que, todavia, acabou por lhe conceder os poderes antes dados aos inquisidores. Estava definitivamente instituída a Inquisição em Portugal nos moldes ambicionados pelo rei Piedoso. Tribunal simultaneamente régio e eclesiástico, inseria-se na política de centralização do poder. A sua criação e os seus membros estavam ligados à Igreja, mas todo o funcionamento era superiormente controlado pelo rei, desde a nomeação dos inquisidores-gerais, que despachavam directamente com o monarca, até à execução das penas de morte, para o que os condenados eram entregues ao braço secular.
O Inquisidor Geral atribuia funções ao Inquisidor que, entre outras, tomava contas aos notários que serviam simultaneamente de tesoureiros e de escrivães dos livros de receita e despesa.
O Tribunal do Santo Ofício estendeu a sua acção a todo o país e a quase todos os territórios submetidos à Coroa portuguesa no longo período da sua existência (1536-1821). Para efeitos do exercício do poder inquisitorial, as diferentes regiões do Reino estavam adstritas aos tribunais de Lisboa, de Coimbra e de Évora (os de Tomar, Porto e Lamego tiveram vida efémera). As ilhas do Atlântico, o Brasil e os territórios portugueses da costa ocidental de África, dependiam do tribunal de Lisboa e os da costa oriental africana dependiam do tribunal de Goa, criado em 1560.
Nos primeiros tempos o Tribunal português regeu-se pelas normas da Inquisição espanhola. Datam de 1541 as primeiras instruções portuguesas para o seu funcionamento, por ocasião do estabelecimento do tribunal em Coimbra, e o primeiro regimento só foi dado em 1552. A Inquisição teve segundo regimento em 1613, um terceiro em 1640 e o último data de 1774.
As leis pombalinas, a que declarou abolida a distinção entre cristãos novos e cristãos velhos e a que equiparou o Santo Ofício aos outros tribunais régios, retirando a censura da sua alçada, fizeram o Santo Ofício perder a sua anterior vitalidade. O regime liberal deu o golpe final à Inquisição portuguesa: em 1821 as Cortes Gerais Constituintes decretaram a sua extinção.
Fonte: http://digitarq.dgarq.gov.pt/
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